1925年9月，蒋介石亲自下令，出动黄埔学生军包围许崇智在广州的住所，将这位结拜兄长软禁在家中。蒋的理由是"保护粤军高层安全"，但实质上是逼迫许交出军权。这场看似平静的行动背后，是一场早已酝酿的权力清洗，兄弟义气在现实面前彻底瓦解。 许崇智不是等闲之辈，弄清楚蒋介石为什么敢动他，得先搞清楚许崇智究竟给过蒋什么。 1922年6月，陈炯明叛变，部下叶举炮轰广州总统府，孙中山被迫避险永丰舰。那时许崇智正率粤军第二军在江西北伐，已克赣州，前锋直抵吉安，眼看要进一步推进。 孙中山一纸电令，许崇智当即掉头南下迎战陈炯明叛军。奈何叛军兵力占优，粤军第一师又有一团临阵倒戈，许崇智最终弹尽援绝，被迫退入南雄，再辗转进入福建。 退到福建，许崇智没有就此罢手。1922年8月至9月，许崇智与驻闽皖系军阀王永泉部谈妥合作，兵分两路从建瓯、南平夹击福州，北洋系福建督军李厚基仓皇出走，福州光复。 孙中山在上海收到消息，当即任命许崇智为东路讨贼军总司令，统辖三个军约两万余人，准备回粤讨陈。正是许崇智在这时候向孙中山推荐了蒋介石，让蒋出任东路讨贼军第二军参谋长。 蒋介石后来与粤军将领闹翻，愤而离职，许崇智仍旧不计前嫌，继续维持这段关系。 1925年第一次东征，许崇智出任右翼总司令，麾下粤军精锐张民达第二师和许济第七独立旅共约七千五百人，蒋介石统领的黄埔教导团不过两千五百余人。 这次东征，粤军才是实打实的主力，蒋介石的黄埔军在其中只算配角。棉湖、鲤湖战役打赢之后，许崇智又掉头回师广州，平定了滇、桂军勾结北洋军阀在广州发动的叛乱，歼敌两万余人，粤军就此成为广东国民政府辖下最强的武装力量。 蒋介石在黄埔一步步壮大，从最初的校长，变成掌有实权的黄埔系军事核心，这背后，许崇智出人出钱，让亲信配合，几乎是用自己的积累替蒋垫了路。 然而1925年8月廖仲恺遇刺案发，蒋介石以"粤军内部有共谋"为由，会同汪精卫迅速成立特别委员会，调查矛头转向许崇智，称其对涉案人员包庇不力。 蒋借此暗中拉拢许部将领，以晋升和军饷收买人心，把许崇智身边的支撑一点点掏空。等到9月包围圈收拢，许崇智的指令已传不下去，亲信被调走，部队编制被打散，兵不听令了。 许崇智被软禁之后，没有公开反抗，没有当众斥骂，几天后被"护送"去了上海。粤军随即改编为国民革命军第一军，直属蒋介石指挥。 失去军权之后的许崇智，在上海寓居多年。1941年香港沦陷，许崇智被日军拘押，日方多次以其国民党元老身份相要挟，逼他公开为汪精卫在南京建立的伪国民政府背书。 许崇智拒绝了，始终没有出面站台，后来秘密偷渡澳门才算脱身。 这个当年被人说"不懂权谋"的人，该守的东西一样没丢。 1965年1月25日，许崇智在香港病逝，蒋介石只发了一纸唁电。
