在古代社会，讲究的是“国赖长君”，即国家必须依靠一位成年且有威望的皇帝，才能有效避免权臣干政带来的动乱风险。尤其是在土木堡之变后，国家局势变得风雨飘摇、危如累卵，这一需求显得尤为迫切。明朝正是基于这一理念，土木堡事件发生后，太后一度倾向于立襄王（宣德皇帝的弟弟，同时是正统和景泰两朝皇帝的叔父）为帝。襄王年纪较长，且在宣德年间曾有过监国经验，凭借当时展现出的政治能力，他甚至被认为比景泰皇帝更加稳妥可靠。
关于皇位的继承问题，决定权并不在于谦手中。当时，于谦只是兵部侍郎，暂时代理兵部尚书一职，甚至尚未进入内阁，根本没有参与皇位废立的权力。最终的皇位继承决定权完全掌握在太后手中。即使文臣参与相关讨论，那也是由王直、胡濙和陈循等人主导的，他们在官职和资历上都高于于谦，根本轮不到于谦这种部级官员发言。
于谦升任兵部尚书的时间是在皇位敲定之后，《明实录》明确记载：八月十八日确定朱祁钰为皇帝，八月二十日确定朱见深为皇太子（这意味着朱见深暂时无意即位），而于谦升尚书则发生在此之后。在北京保卫战期间，无论是奏报战况还是事后的封赏，石亨的名次都排在于谦之前。更何况，即便在当时的军事文官系统中，于谦也并非首位，南京兵部尚书与他地位相当，而王骥不仅在职衔上高于他，且作为一位武将，掌握直接兵权，统领外军兵力。更关键的是，于谦与王骥关系不佳，两人不可能相互包容合作。
明代宗朱祁钰的即位并非由于谦促成，因此指责他“大逆不道”并无根据。明朝推崇理学，主流思想强调“重国轻君”，无论皇帝私下如何想，表面上都对于谦给予认可和褒奖，以体现社稷重于君的价值观，这一点并不令人意外。于谦曾言：“言南迁者，可斩也。京师乃天下根本，一旦动摇，天下大势必去矣，难道不见宋朝南渡的前车之鉴吗？”此外，他劝说明代宗接回英宗时也表示，“天位已定，宁复有他，顾理当速奉迎耳。万一他果真怀有诡计，我自有言辞。”事实上，于谦在新旧皇权的七年争斗中，既未积极防范英宗可能复辟，也未对前皇帝和未来宪宗朱见深做出周全安排。这反映出他虽刚直无畏，却在忠诚与责任之间仍有挣扎与矛盾。
那么，什么才叫忠诚？于谦的忠诚毋庸置疑，但他忠诚的是大明王朝，而非明英宗个人。否则，他不会在明英宗近在咫尺时下令炮击也先。明英宗被释放后，当时舆论呼吁复位，然而于谦坚决表示“天位已定”，表明他维护的是朝廷体制而非个人皇帝。
明英宗是否想杀于谦？答案是肯定的，复位的过程是两大政治集团的生死搏斗。明代宗病重，正统集团失去核心，明英宗乘机复位。作为代宗集团代表人物的于谦，必然成为明英宗肃清的对象。不仅于谦，代宗集团的许多成员也遭到清洗，影响极为深远。
这场大清洗的执行绝非皇帝一人决定，敢于推动的人极少。明英宗害怕于谦威望过高，担忧他会反扑，尽管于谦并无此意。于谦的存在本身就是对英宗的威胁。后来英宗取消殉葬等一系列措施，实际上是在淡化大清洗带来的负面影响。于谦作为土木之变后的最大救国功臣，死后得以翻案，主要是为了收买人心，这一点足以说明他的巨大社会影响力。
