1682年，姚启圣收复台湾，进京面圣，却安然无恙。
那一年，姚启圣乘船北上，面对扑面而来的海风，心中毫无轻松之感。台湾光复的喜讯已传到京城，但他心头却沉甸甸的。紫禁城里的皇上，对他既依赖又猜忌。七年前，康熙任命他为福建巡抚时，那意味深长的眼神，此刻仍历历在目。他的仕途如同惊涛骇浪，41岁才凭借乡试第一名考取广东香山县令。上任伊始，便面临前任留下的巨额亏空——数万两白银。他没有克扣民脂民膏，反而倾尽家产填补了这个窟窿。他的正直却为他带来了灾祸。他看不惯海禁政策导致沿海地区荒芜，百姓流离失所，便私下开放贸易，结果遭到参劾，丢了官职。失势反而激发了他的斗志。他回到绍兴老家经商，几年间便积累了巨额财富。
三藩之乱爆发后，他毫不犹豫地变卖产业，带着儿子和数百乡勇投奔康亲王平叛。战场上的他判若两人，他单骑入敌营劝降叛将韩大任，三千叛军瞬间归顺，成为清军主力。攻打耿精忠时更是连战连捷，短短三年，他便从平民百姓跃升为福建布政使。康熙表面上赞他“文武双全”，但心中却始终存有芥蒂，因为他骨子里看不起满人，经常在朝堂上直言不讳地批评权贵，甚至敢于指责满人习俗。康熙十七年，郑经猛攻福建沿海，清军屡战屡败。康熙无奈之下，任命姚启圣为福建最高长官，临行前意味深长地说：“东南半壁，全托付于你了。”姚启圣明白，皇上需要他这把利刃，却又担心这把利刃太锋利，伤了自己。上任后，他立刻展现出雷厉风行的作风。他上奏康熙，指出八旗兵在福建只会吃喝玩乐，留着他们只会坏事。朝廷下令调走八旗兵后，这些士兵临走前大肆烧杀抢掠。姚启圣连夜找到康亲王，送上一箱银子，换来了严令：“扰民者，斩！”几颗人头落地，福建顿时恢复了平静。
之后，他重用郑成功旧部施琅担任水师提督，施琅熟悉水文，又与郑经有仇，这便切断了台湾的补给线。他还宣布沿海百姓开垦荒地免税，同时严令禁止任何人接济台湾，违者以“通敌”论处。更令人叹为观止的是，他自掏腰包解决军费不足的问题。朝廷军费紧张，他变卖了绍兴的祖产，拿出经商积攒的钱财，前后投入十五万两白银。降兵们领到丰厚的安家费后，死心塌地地为清军效力。康熙看到奏折上的这个数字时，手中的朱笔停滞良久，臣子比朝廷还富裕，这终究是一件让他不安的事。康熙二十二年六月，施琅率领水师在澎湖大获全胜。姚启圣在厦门港督运粮草的身影，被密探记录在呈给康熙的密报中：“姚督造战船百余艘，皆用私财；亲兵粮饷，取自妻妾首饰。”战事刚结束，弹劾姚启圣的奏章便如雪片般飞往京城：虚报军费、拥兵自重……左都御史徐元文列举了他七大罪状。进京的那一天，乾清宫的地砖冰冷刺骨，康熙却笑得像佛祖一样慈祥：“爱卿立下不世之功，朕该如何赏你？”姚启圣伏在地上，官袍后背已被汗水浸透：“臣年老体衰，只求几箱书籍，归隐田园。”
三个月后，他带着皇帝赏赐的书籍回到绍兴，第二年便因旧疾复发去世，享年六十岁。死后，朝廷仍旧追究他的账目，认定他“虚报军费四万七千两”，并逼迫姚家补缴。
