1938年夏，八路军第四纵队宋时轮、邓华挺进冀东，与冀东起义武装主力会合，这引起了日军华北方面军司令部的震惊。由于冀东是联结东北和华北的咽喉地带，直接威胁着平津等地的安全。为此，日军大本营有感华北方面军兵力不足，急从国内抽调第110师团于7月进入平津地区。在山下奉文等华北方面军司令部长官的部署指挥下，第110师团与关东军相配合于8月份对冀东进行了大规模“讨伐”和围追堵截，迫使八路军第四纵队主力和冀东武装大部于10月向平西转移，10万暴动武装在转移中大部失散。 时至1939年，鉴于华北占领区内八路军发展的迅猛，为了实现大本营的意图，即“确保占领地区，促使其安定，以坚强的长期围攻的阵势，努力扑灭抗日的残余势力”，华北方面军总参谋长山下奉文等在杉山元总司令官（1938年11月25日接寺内寿一职）的要求下，主持拟定了《1939年度治安肃正纲要》。 作为华北方面军的总参谋长，山下奉文时刻关注着各地肃正作战的进度。尽管各地作战击溃了一些国民党残余武装，但是面对实施游击战术的八路军，日军却战果不佳，并屡遭打击。这对于山下奉文来说，不能不产生一些压力和不利途仕的影响。应当指出的是，正是山下奉文指挥进行的这些所谓“围剿”、“治安”战等，制造了大量血案，在广大华北地区犯下了滔天罪行。 在积极实施治安肃正战的同时，山下奉文等还积极关注着整个中日战争的全局。他通过思考提出，“中国排除英国势力是对华政策之根本”。山下奉文后来任第25军司令官指挥马来作战时，在他的日记中有这样记载：“中国问题的解决除以中国人民的独立为根本而进行中日提携之外，别无他途。”由于山下奉文积极主张实行“中日提携”，对英法在华势力的存在极为不满，所以他对日本内阁中的一些“稳妥”政策表示出相当的不同意见。1939年6月14日，山下奉文在副参谋长武藤章的协助下，不顾来自陆军省的劝阻，下令封锁天津英法租界。由于英法等国正积极谋划“东方慕尼黑”，因此并没有对山下奉文所实施的行为采取过激反应。倒是日本政府利用这一事件不断给英法施加压力。最终，英日双方于7月24日签署了《有田—克莱琪协定》，规定：英国“完全承认”日本造成的“中国之实际局势”；承认日本在其占领区内享有“特殊之要求”；允诺“凡有阻止日军或有利于日军之敌人之行动与因素”，英国“均无意加以赞助”。 尽管封锁租界事件给日本政府在对英法外交上获得了取利的机会，但却并没有给山下奉文捞取太多的好处。9月中旬，日苏诺门坎事件以日本的失败告终。作为善后的处理，关东军的首脑和作战参谋等均被撤换。9月23日，山下奉文调离华北方面军，出任关东军第四师团长，隶属关东军司令官是梅津美治郎之下。在这期间，山下奉文原有意被酝酿出任驻蒙军总司令，可是却意外地调赴东北，使其前途又被蒙上一层阴影。
