1962年起，哈梅内伊追随霍梅尼向世俗君主政权的宣战。1963年，霍梅尼发起反巴列维国王运动，哈梅内伊积极参加反国王活动。哈梅内伊因在马什哈德传递霍梅尼反政府反美的信件遭当局逮捕，监禁期间遭受拷打。1963年2月至1964年1月，哈梅内伊和几个朋友前往伊朗东南部的克尔曼省开展活动。他密集地与当地学者和学生会面，并在各种集会上发表演说。此后，他又前往东部的扎黑丹省，发表抨击巴列维国王专制统治的演讲，受到当地人的欢迎。之后他被警察逮捕押送到德黑兰。两个月后，哈梅内伊获释，他又开始了讲解《古兰经》注释和伊斯兰思想的讲座。1964年，哈梅内伊得知父亲生病的消息后，放弃学业返回家乡照料父亲。为躲避追捕，从1965年起，哈梅内伊不得不在德黑兰过起隐蔽生活。1966年，他第三次被捕，并被监禁起来。在此后的两年间，哈梅内伊又两次被捕入狱。1975年1月，巴列维的情报机构萨瓦克间谍，闯进哈梅内伊在马什哈德的家，第六次逮捕了他，并没收所有书籍和笔记。哈梅内伊获释后，继续从事秘密活动。第二年冬天，他又遭逮捕，被判处流放三年。流放期间，哈梅内伊一直与伊朗各个城市的宗教学者和革命志士保持联系，并通过写信的方式，参与了宗教学者们的各项决策。1978年9月23日，哈梅内伊从基拉夫特返回马什哈德，提前结束流放生活，继续组织各种革命活动。 1979年，霍梅尼发动伊斯兰革命，推翻伊朗国王穆罕默德·礼萨·巴列维。4月1日，伊朗伊斯兰共和国宣布成立。革命胜利后，哈梅内伊先后担任革命委员会成员、国防部副部长、革命卫队司令、德黑兰教长、伊斯兰议会议员和霍梅尼在最高国防委员会代表等职。1980年，两伊战争爆发，哈梅内伊与贝赫什提、拉夫桑贾尼等人组成伊斯兰革命委员会，辅佐霍梅尼先后将巴扎尔甘、巴尼萨德尔和人民圣战者组织等政敌打倒，巩固了伊斯兰政权。
