吴石被保密局逮捕后，一开始并没有受到刑讯逼供，他的餐食和别人的也不一样，很丰盛。他总是把食物分给狱友，并给予他们精神上的支持。后来，也开始对他动刑了，下手越来越狠。这是活下来的狱友多年以后的回忆。 1950年3月2日，吴石因涉嫌泄露情报被保密局逮捕。初期未施加身体刑罚，餐食优于他人。他将食物分给同牢人员，提供支持。审讯逐步加强，手段加重。狱友回忆他承受这些过程。 保密局局长毛人凤同为中将，无权处置吴石。案件转至军方特别委员会，由上将周至柔负责。周至柔与吴石早年相识，北伐时共同作战。他向蒋介石求情，遭斥责。陈诚北伐时为吴石学生，对指控疑虑，认为可能陷害。私下助力吴石妻子释放。 多名官员为吴石说情，包括共事同僚和学生。他们敬佩吴石人品，不认同间谍指控。通过信件和面谈表达观点。审理因无口供停滞。委员会审查档案，发现证据缺口。 吴石在狱中未提供认罪记录。案件上报后，蒋介石批示执行死刑。程序存在瑕疵，如调查不充分。吴石表现影响部分官员看法。 1950年6月10日，吴石在台北马场町刑场被枪决，同案朱谶之、陈宝仓、聂曦等人遇难。审判于5月30日宣判，存在证据不足问题。 吴石夫妇待人宽厚，与高级将领交好。多年后，当局为戒严时期案件恢复名誉，王碧奎获600万新台币补偿。她出狱后抚养子女，赴美国与儿子团聚，1993年去世，享年90岁。子女部分留台，部分海外。 吴石案后来被视为悬案，程序瑕疵引发讨论。当局在后期平反部分冤案。
