PXMeter:字节跳动开源的生物分子结构预测模型结构质量评估工具包,支持蛋白质、核酸及小分子,助力结构生物信息学研究与应用。
• 全原子匹配:自动匹配实体、序列比对、链和原子置换,实现一一对应。
• 多指标评估:支持LDDT(局部距离差异测试)、DockQ(界面相互作用质量)、Pocket-aligned RMSD(配体构象质量)、PoseBusters有效性校验。
• 双接口支持:命令行工具与Python API,便于批量处理和集成。
• 简便安装:PyPI一键安装,首次运行自动下载化学组分字典(CCD)。
• 可靠基准:内置RecentPDB与PoseBusters V2数据集评测协议,公开基准数据和示例代码,标准统一。
• 开放协作:采用Apache 2.0许可证,欢迎社区贡献,代码质量保障。
• 限制提示:暂不支持残基级置换,建议使用RCSB PDB CIF文件确保数据准确。
• 安全响应:发现安全问题请通过官方渠道报告,避免公开GitHub讨论。
科研与商业场景均适用的结构预测评估利器,为生物分子分析提供精确量化标准。
详细介绍🔗 github.com/bytedance/PXMeter
生物信息学 结构生物学 开源工具 蛋白质结构 分子模拟